La Facultad de Ciencias Sociales y Económicas fue creada el 4 de abril del año 2000 y se constituyó oficialmente según Decreto de Rectoría Nº123 de fecha 15 de mayo del año 2000. Es la IV Macrounidad Académica de la Universidad de La Serena, corporación creada, a su vez, el 20 de marzo de 1981 como resultado de la fusión de las ex sedes de la Universidad de Chile y Universidad Técnica del Estado.

En el año 2004, la Facultad decide participar en el proceso de acreditación de carreras y la primera en Acreditarse es Auditoría con dos años de acreditación. Se inicia así un proceso continuo de mejoramiento de la calidad en todas las escuelas de la Facultad.

En el año 2009, respondiendo a los requerimientos de Capital Humano Avanzado, la Facultad lanza el Magíster en Liderazgo, Dirección Estratégica y Comunicación en las Organizaciones. Se recibe la primera generación de alumnos, en abril del 2010, el que posteriormente se actualiza, debido al compromiso de mejora continua de la institución, naciendo en 2016 el actual programa de postgrado que imparte la Facultad, el Magíster en Liderazgo, Dirección y Comunicación Estratégica que fue constituido de acuerdo al Decreto Exento de Rectoría N°075/2020 del 04 de marzo de 2020. 

Asimismo, se inicia una alianza con la Universidad Nacional de San Juan y se crea la Revista Dos Puntas, publicación Binacional de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad Nacional de San Juan y de la Facultad de Ciencias Sociales y Económicas de la Universidad de La Serena. Esta publicación académica se edita dos veces al año y ya prepara su vigésimo tercera edición. En el mismo año, también nace la revista científica del Departamento de Ciencias Económicas y Empresariales revista RUTA cuyo principal objetivo es servir como plataforma para la difusión de artículos originales derivados de investigación aplicada y teórica que contribuyan significativamente al campo de las ciencias sociales.

Durante el año 2012, una comisión de la Facultad se abocó a elaborar un estudio de factibilidad para la creación de dos nuevas carreras: Derecho e Ingeniería en Administración de Empresas. La creación de la carrera de Derecho fue  aprobada por la Junta Directiva de la Universidad mediante el Decreto Exento N° 405/2012 del 06 de noviembre de 2012 de Rectoría. El ingreso de la primera generación fue de 55 estudiantes. La carrera Ingeniería en Administración de Empresas fue aprobada mediante el Decreto Exento N° 397 del año 2012. El ingreso de la primera generación fue de 34 estudiantes.

En el año 2013 se inauguró la nueva sala de lectura del campus, con instalaciones luminosas y cómodas que pueden albergar a más de ochenta estudiantes. A fines del 2015 se inauguró el edificio destinado de preferencia a clases de la carrera de Derecho, que incorporó tres nuevas salas con una capacidad total de atender a 180 alumnos. En 2019 se inaugura una serie de construcciones gestionadas por la Facultad como las nuevas oficinas para los académicos y académicas del Departamento de Ciencias Económicas y Empresariales, la nueva sala de contenidos digitales para la carrera de Periodismo y el Laboratorio de Innovación Didáctica para el trabajo educativo de la carrera de Pedagogía en Historia y Geografía.

En los últimos años la Facultad ha impulsado la renovación curricular de todas sus carreras, esto permitió que al año 2019 las seis carreras adscritas a la Facultad tuvieran renovadas sus mallas curriculares con Sistema de Créditos Transferibles culminando este proceso con la renovación de la carrera de Pedagogía en Historia y Geografía.

Actualmente se encuentra acreditada la carrera de Pedagogía en Historia y Geografía, la cual recibió en el año 2020 su acreditación por la CNA desde el 29 de abril de 2020 hasta el 29 de abril de 2025. Tanto la carrera de Auditoría como la carrera de Periodismo, durante el año 2023, se sometieron al proceso de autoevaluación, logrando ser certificadas por 6 años, periodo que se extiende hasta el 23 de enero y 25 de enero de 2030, respectivamente. Las carreras de Ingeniería Comercial, Ingeniería en Administración de Empresas y Derecho se encuentran realizando su proceso de autoevaluación para su certificación. Por su parte, también la carrera de Pedagogía en Historia y Geografía se encuentra desarrollando su proceso de autoevaluación y renovar su acreditación.

En el año 2019, como forma de incorporar las tres áreas del conocimiento que alberga la Facultad, siendo el área de las Ciencias Jurídicas la última en incorporarse debido a la dictación de la carrera de Derecho desde 2013, es que se modificó el nombre de la Facultad de Ciencias Sociales y Económicas a Facultad de Ciencias Sociales, Empresariales y Jurídicas (FACSEJ) bajo el Decreto Exento N°448 del 10 de octubre de 2019.

En el mismo año, la Facultad es premiada internacionalmente por la European Society for Quality Research (ESQE), otorgándole el premio Quality Choise Prize. Esta distinción entregada por la organización europea, es concedida para reconocer el trabajo de empresas, administraciones públicas y organizaciones por la ética y las iniciativas enfocadas en la gestión de calidad.

En 2020, la Honorable Junta Directiva aprobó la creación del Departamento de Ciencias Jurídicas con el objetivo de fortalecer y potenciar el desarrollo de dicha disciplina, según el Decreto Exento N° 10 del 24 de enero de 2020.

Este año, durante su XXIV aniversario, bajo el Decreto Exento N°656 del 16 de noviembre de 2023 se realizó el cambio de nombre del Ex Campus Enrique Molina Garmendia, renombrándolo Campus Gabriela Mistral, en honor a la poeta nacional ganadora del Premio Nobel de Literatura.

Actualmente la Facultad está compuesta por tres departamentos académicos: Ciencias Sociales, Ciencias Económicas y Empresariales y Ciencias Jurídicas, las siguientes Escuelas: Auditoría, Ingeniería Comercial, Turismo, Pedagogía en Historia y Geografía y Periodismo. En la actualidad se imparten seis programas de pregrado en las carreras de: Auditoría, que otorga el título de Contador Público Auditor; Ingeniería Comercial, que otorga el título de Ingeniero Comercial y el Grado de Licenciado en Ciencias Administrativas; Derecho, que otorga el Grado de Licenciado en Ciencias Jurídicas; Pedagogía en Historia y Geografía, que otorga el título de Profesor de Estado en Historia y Geografía y el Grado de Licenciado en Educación; Periodismo, que otorga el título de Periodista y el Grado de Licenciado en Comunicación Social; Ingeniería en Administración de Empresas que otorga el título de Ingeniero en Administración de Empresas y el Grado de Licenciado en Turismo y Administración Pública que otorga el título de Administrador Público y el Grado de Licenciado en Gestión Pública.